Dobrý den,
šablona je zatím určena pro FEKT, kde aktuální nastavení je vyhovující.
Pokud potřebujete změnit sazbu nadpisů, takovéto úpravy proveďte v souboru thesis.sty přeprogramováním příslušných příkazů. Např. příkaz \chapter jsme upravovali na řádcích 1140 až 1149:
%% Sazba nadpisu kapitoly
\providecommand\chapter{}
\renewcommand\chapter
{%
\cleardoublepage\@startsection{chapter}{0}{\z@}%
{-3.5ex \@plus -1ex \@minus -.2ex}%
{2.3ex \@plus.2ex}% %puvodne2.3ex
%{\normalfont\Large\bfseries\MakeUppercase}%
{\LARGE\sffamily\bfseries}%
}%
Podobně myslím by mělo jít předělat další úrovně nadpisů.